Sihtasutuse tegevust kavandab nõukogu. Nõukogu korraldab ka Sihtasutuse juhtimist ja teostab järelevalvet selle tegevuse üle. Nõukogu koosseisu võib kuuluda kuni 13 liiget, kes määratakse asutaja poolt kolmeks aastaks.

Nõukogu koosseisus muudatuste tegemise ning nõukogu liikmete tagasikutsumise otsustab asutaja. Nõukogu nõusolek on juhatusele vajalik tehingute tegemiseks, mis väljuvad igapäevase majandustegevuse raamidest. Oma ülesannete täitmiseks on nõukogul õigus tutvuda kõigi Sihtasutuse dokumentidega ning kontrollida raamatupidamise õigsust, varade olemasolu, samuti Sihtasutuse tegevuse vastavust seadusele ja põhikirjale.

Integratsiooni Sihtasutuse nõukogu koosseis:

Kristina Kallas -  (nõukogu esimees), Tartu Ülikooli Narva kolledži direktor

Piret Kärtner - (nõukogu aseesimees), Haridus- ja Teadusministeeriumi keeleosakonna juhtaja
Ann Räämet - Vabaühenduse MTÜ Kloogaranna Selts juht
Anneli Ratnik - Rahandusministeeriumi esindaja
Birgit Lüüs- Siseministeeriumi kodakondsus- ja rändepoliitika osakonnajuhataja asetäitja

Birute Klaas-Lang - Eesti keele võõrkeelena professor, Tartu Ülikool
Heidi Uustalu - Kiviõli I Keskkooli direktor

Merle Põld - Kultuuriministeeriumi õigus- ja varahaldusosakonna osakonna juhataja
Piret Hartman - Kultuuriministeeriumi kultuurilise mitmekesisuse kantsler

Vadim Belobrovtsev - Tallinna abilinnapea