Цель отраслевой программы развития «Интегрирующая Эстония 2020» состоит в повышении социальной сплочённости общества и вовлечении людей с разными родными языками и культурным фоном в общественную жизнь Эстонии. Программа развития является основой при внедрении государственной интеграционной политики и планировании её финансирования на 2014-2020 годы. Фонд интеграции является одним из прикладных учреждений программы развития «Интегрирующая Эстония 2020».

Программа развития интеграционной сферы «Интегрирующая Эстония 2020» имеет следующие цели:

• Повышение открытости всего общества, в т. ч. эстоноязычных постоянных жителей и формирование позиций в поддержку интеграции.
• Непрерывная поддержка в обществе интеграции постоянных жителей с родным языком и культурой, отличающимися от эстонских.
• Поддержка приспособления и интеграции в эстонское общество новых иммигрантов как растущей целевой группы.

Проводимые в жизнь через другие отраслевые программы развития цели в области интеграции:
 

• Учащиеся с родным языком, отличающимся от эстонского, имеют конкурентоспособные знания и навыки для самостоятельного выживания в эстоноязычной среде.
• Молодёжь с родным языком, отличающимся от эстонского, активно участвует в молодёжной работе, и у неё имеются тесные контакты с эстоноязычными сверстниками.
• Жителям трудоспособного возраста с родным языком, отличающимся от эстонского, обеспечены возможности пополнять свои знания и навыки для конкурентоспособного участия на рынке труда.